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医药分开实行目的、意义
医药分开是新医改的核心内容之一。早在2002年，国家发改委曾启动“医药分开”试点，但因政策不配套，主管领导调离，试点没能继续。
要基本消除“看病贵”的问题，还需要采取一系列的配套措施，如加强基层医疗机构建设、推进全民医保等。
同时，将药品收支结余上交卫生行政部门，统一缴存财政社会保障基金专户，经考核后统筹安排，再合理返还给医疗机构。当然，病人处方可以在医院取药，也可以到定点的社会药房取药。
现在意义上的“医药分开”，源于2009年3月17日《中共中央国务院关于深化医药卫生体制改革的意见》，该意见指出：坚持公共医疗卫生的公益性质，坚持预防为主、以农村为重点、中西医并重的方针，实行政事分开、管办分开、医药分开、营利性和非营利性分开。
知情人士透露，从中国医药商业协会9月4日召开的七届四次会长会议上了解到，商务部市场秩序司原巡视员温再兴在会上表示：
有关“医药分开”的文件，已经到达国务院，等总理签发。该工作由商务部主推，医改办支持，个别部门仍有保留意见......
文件倡导寻求多种形式医药分开、提高零售药店供应药品和保障能力，逐渐将医院门诊药房过度到零售药店，商务部将作为推动医药分开的主要部门。
有关医药分开的文件将于本周印发。
有关医药分开定义的争论
据资料信息，改革过程牵涉到各利益主体，“医药分开”在当时出现不同的解释：
一种说法是：“医药分开”是医生开处方，药剂师去配药，这在医院已经实现了，医生和药师有分工，不需要再搞“医药分开”。
另一种说法是：“医药分开”是医药分利，把医院和药企的利益分开就行了。
原卫生部门的观点是：“医药分开”是在医院内部实施医和药的收入与支出分开核算，收支两条线管理；是取消药品在医院销售的加成政策，药品销售零差率。
但行业专家王锦霞曾逐一反驳了上述说法：“表面看似有理，实质仍曲解了医药分开的真正内容。”
她认为医药分开的本质应是：医疗专业与药品专业分开；医疗机构与社会药店分开；医生开处方与销售药品分开；实现医生开方，药店卖药的合理专业分工。
医生应以诊断、开方、手术、治疗的医疗行为获得收入，社会药店应以销售药品和合理用药咨询服务赚取利润，“所以‘医药分开’的实质是医药分业。”
国务院提出“医药分开”
同时2000年国务院体改办等八部委联合出台的《关于城镇医药卫生体制改革的指导意见》，该意见指出，医药应“分开核算、分别管理、统一上交、合理返还”，意思是在医院内部搞两本账，药品收入按新的财会制度单独核算。
“医药分开”的目的，是为了建立药品流通的竞争机制，切断医院、医务人员与药品营销商之间的经济利益关系。
“医药分开”虽然是解决“看病贵”的重要一步，但绝对不可能是一分就灵的。
北京医药分开案例
北京市同仁医院、天坛医院、积水潭医院三家公立医院于2012年12月1日起正式启动医药分开改革。
与前两批试点医药分开改革的友谊医院、朝阳医院相同，试点内容是取消15%药品加成、增收医事服务费。
韩国医药分开，失败了
韩国政府终于在2000年着手改革，要求医药分开，意图从根本上改变药品供给和消费的低效率，减少过度用药，控制药品支出。
随后，韩国国内发生了医生罢工大潮，最终迫使政府修改了计划：不但将医生的收费提高了44%，而且，3次给医生长工资，并增设处方调剂费。
这样一来，消费者的医疗消费非但没有下降，而且还见上涨。更严重的问题是，强制性的医药分开并没有充分激励医生去开具有成本-效益的药。在医药强制分开后，韩国有调查显示，医生反而开更多品牌和贵的药。医生还想方设法通过检验和检查，通过多使用医疗器械来代替药品，此外，医生还与附近药房的合谋，以维持他们的收入。
