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医改十二五规划以及随后快速推进的县级公立医院改革，实施医药分开改革的主导思路是取消药品加成，切断药品与医院、医生之间的利益关系。
“医药分开”是新医改实施公立医院改革“四个分开”基本原则之一，也是医改十二五规划确定的公立医院改革的关键环节，旨在破除以药补医机制。
9月9日，商务部网站公布了商务部、发改委等6部门《关于落实2014年度医改重点任务提升药品流通服务水平和效率工作的通知》（以下称“通知”）。
值得关注的是，通知第二条明确提出“采取多种方式推进医药分开”。
不过，关于如何定义“医药分开”一直存在不同的见解。医药分开也一直存在不同的实践，包括收支两条线、药房托管、取消药品加成等。
目前所实施医药分开主要是在不改变机构设置的情况下，从利益机制上实行医药分开。但与此相对应，还有主张认为医药分开的实质应该是“医药分业”，即医疗机构不设门诊药房，患者可以凭医生处方到零售药店购药。
负责主管药品流通行业的商务部，一直倾向于后一种思路。
实际上，商务部此前发布的《十二五全国药品流通行业规划纲要》就已经明确提出，“积极探索实现医药分开的具体途径，在已实施基本药物制度、取消以药补医的基层医疗机构，特别是周边药品零售配套设施比较完善的城市社区医疗服务机构，可率先探索医生负责门诊诊断，患者凭处方到零售药店购药的模式。”
可以看到，当时这种思路还主要是集中在基层和社区医疗卫生机构。而在刚刚公布的商务部等六部门联合出台的文件中，推动医药分开则是面向公立医院改革试点城市。目前，全国已有34个公立医院改革国家联系试点城市。
通知指出，在公立医院改革试点城市，可探索由规模较大、质量控制严格、执业药师药事服务制度完备、诚信记录好的零售药店，承担医疗机构门诊药房服务和其他专业服务的多种形式的改革，并切实加强医疗机构药事管理工作，推进临床合理用药。
通知中明确表示，未来的发展方向是，“逐步形成医师负责门诊诊断，患者凭处方到医疗机构或零售药店自主购药的新模式。”
此外，为了能够提高药品零售企业质量管理水平和药学服务能力，能够承担由医疗机构分离出来的药事服务，通知还提出积极推进药品零售企业分级管理。
