国际上通用的巴氏消毒法主要有两种：
1将牛奶加热到62-65℃，保持30分钟。这种方法目前在广东较少使用。采用这一方法，可杀死牛奶中各种生长型致病菌，灭菌效率可达97.3％-99.9％，经消毒后残留的只是部分嗜热菌及耐热性菌以及芽孢等，但这些细菌占多数的是乳酸菌，乳酸菌不但对人无害反而有益健康。
2将牛奶加热到75-90℃，保温15-16秒，其杀菌时间更短，工作效率更高。但杀菌的基本原则是，能将病原菌杀死即可，温度太高反而会有较多的营养损失。巴氏消毒的方法的温度为63-85℃高温消毒：
高温消毒：所谓高温消毒，又称无菌消毒，一般是通过高压高温的方式，将温度提升到120℃以上，来杀死细菌。
巴氏消毒和高温消毒的不同之处在于，巴氏消毒只是杀死牛奶中90％以上有害的细菌，但是保留其中绝大部分的有益细菌。而高温消毒则是是杀死所有的细菌，不论是否有益的病菌，通常奶粉，和绝大部分各种各样的“牛奶”，“果奶”“鲜奶”都是通过无菌消毒的。
只有酸奶是经过巴氏消毒，并保存在适当的温度，使奶浆中的有益菌进一步发酵，成长，之后饮用。所以为什么很多人愿意喝酸奶。主要差别在这里。
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